中國疾病預防控制中心性病艾滋病預防控制中心的前身為“衛生部艾滋病預防控制中心”,隸屬于中國預防醫學科學院,成立于1998年7月,是經國務院批準的艾滋病預防控制專業機構。2002年1月23日中國預防醫學科學院更名為中國疾病預防控制中心,衛生部艾滋病預防與控制中心更名為“中國疾病預防控制中心性病艾滋病預防控制中心”,簡稱“艾防中心”,為中國疾病預防控制中心下屬的一個二級單位。